New York doğumlu yönetmen, belgesel yapımcılığı üzerine lisans ve yüksek lisansını tamamlasının ardından 1971'de "Hidden and Seeking" adlı ilk filmini çekti. "In the Region of Ice" adlı kısa filmiyle 1976'da En İyi Kısa Film dalında Oscar alan Werner, başarılı yapımlarıyla 4 kez Emmy Ödüllerine aday gösterildi.

Peter Werner, başrolünde Bruce Willis'in oynadığı "Moonlighting" başta olmak üzere "Proof", "Bull", "Grimm", "Outsiders" ve "Ice" gibi televizyon dizileriyle tanınıyordu.

Ünlü yönetmen aynı zamanda 36. ABD Başkanı Lyndon Baines Johnson'ın hayatını anlattığı "LBJ: The Early Years" ve çok sayıda televizyon filmine de imza attı.